Kemitraan dengan lembaga lain sangan esensial. Kemitraan ini berdasarkan atas kesepakatan yang saling menguntungkan antara kedua belah pihak. Kemitraan secara umum berbasis pada: pengembangan kapabilitas sumber daya, riset bersama, diseminasi hasil riset bersama, pertukaran mahasiswa dan tenaga pengajar maupun dukungan beasiswa.

Lembaga/Institusi  yang menjalin kerjasama hingga 2018

		James Cook University, Australia				The University of Queensland, Australia
		Leibniz Institute for Animal Biodiversity (Zoological Research Museum Alexander Koenig)				Tokyo University of Marine Science and Technology
		Bakrie Center Foundation				Badan Standarisasi Nasional